元朝是一个比较残暴的朝代，其延续时间了九十年。这九十年中，天灾几乎年年不断，地震、洪水、干旱、蝗虫、风灾纷纷发生。饥荒蔓延，“民相食”这样惨绝人伦的悲剧反复发生。朝廷为赈灾疲于奔命，力不从心。一些贪官污吏则利用赈灾的机会，中饱私囊，使得民怨鼎沸。而元朝末年的至正年间，天灾更加频繁，特别是瘟疫频繁流行。

　　据《元史·志第三》记载，“至正四年，福州、邵武、延平、汀州四郡，夏秋大疫。五年春夏，济南大疫。十二年正月，冀宁保德州大疫。夏，龙兴大疫。十三年，黄州、饶州大疫。十二月，大同路大疫。十六年春，河南大疫。十七年六月，莒州蒙阴县大疫。十八年夏，汾州大疫。十九年春夏，鄜州并原县，莒州沂水、日照二县及广东南雄路大疫。二十年夏，绍兴山阴、会稽二县大疫。二十二年，又大疫”。这样在元朝末代皇帝顺帝至正四年到二十二年间（1344～1362年）的十八年，共发生十次大疫，达三年两次之多。次数之多，频次之密历史上绝无仅有。

　　元朝末年的瘟疫更是与战乱饥荒相伴随。顺帝至正十一年（1351年）发生了刘福通为首的红巾军之乱。紧接着至正十二年(1352年)，一场大疫爆发。这年正月，翼州、保德州发生大疫。至夏天，龙兴发生大疫。这场瘟疫还未全去，更大的瘟疫流行接踵而至。至正十三年(1353年)，黄州、饶州大疫。特别是十二月的大同路大疫，大疫中死去的人“无计其数“，有记载“死者大半”。

　　没有喘息时间，至正十四年(1354年)春末夏初，江西、湖广先后出现大饥荒。秋天，京师发生大饥荒，饥荒之烈以至出现“民有父子相食者”。此时朱元璋不断扩充壮大势力，开始攻城掠地，中原各地战乱蜂起。战乱中，至正十六年春天，河南大疫流行。至正十七年(1357年) 六月，菖州蒙阳县大疫。至正十八年(1358年)六月，汾州大疫。至正十九年(1359年) 春夏，鄜州并原县及莒州沂水、日照二县和广东南雄路大疫。

　　战乱瘟疫所造成的死亡人数难以计数，“两河被兵之民携老幼流入京师，重以饥疫，死者枕藉”。元朝政权受到沉重打击，对朱元璋的不断紧逼的进攻逐步失去能力作有效防御对抗。在至正十六年（1356年）到至正十九年（1359年）间，朱元璋夺取了江南半壁江山。

　　在至正十九年（1359年）正月，大明军夺取诸暨州后，突然兵临杭州城下。杭州被迫关闭城门达三月之久。城门被围不久，城内很快粮尽，由于四周交通已被切断，粮食无法运入城内。“一城之人，饿死者十六七”。杭州城未被攻下，大明军撤退后，元朝从吴淞江里来的运米船先后到达，可是传染病开始蔓延，“而又大半病疫死“。至正二十年(1360年) 夏天，南方一些地区又一次疫病流传，其中绍兴路的山阴、会稽二县疫病最为严重。二年之后的春末夏初，绍兴路又一次出现大疫。

　　至正二十七年（1367年）朱元璋开始北伐，在大将徐达、常遇春等的协助下，于1368年八月攻陷元大都北京，元顺帝北逃，元朝的统治结束。同年，朱元璋在建康（今南京）称帝，建立了大明王朝。