影片有明暗两条线索，明的一条就不必细说了，就是一部讲述“土匪”斗恶霸，充满夸张、搞笑和无厘头色彩的娱乐影片，这是表面上的东西，是给电影审查机构看的；而暗线的安排则可谓匠心独具，运用了大量的隐喻和暗示，细致而连贯的勾勒出一幅中国人民反抗暴政，实现真正共和的现实图卷，这才是影片展现的真实故事，是特意留给广大中国人民思考的。因此，这部影片其实是一部呼吁民众觉醒的现实主义大片，下面就讲一讲这部影片的暗线故事。
姜文在影片公映前接受记者采访时说道：《让子弹飞》这部电影是我的个人的自传，不是指实际生活的经历，而是精神和心灵的自传，到时候你们看电影吧。让我们感谢姜文的作品。
1、用马拉着飞奔的列车（简称马列）来形容体制，还是马的“体质”（体制）是旧的，加上虚假的先进的外壳（列车上的气烟实际上是火锅烟不是蒸气动力）。开头出现时目的地是险恶的鹅城。意思是：国家在腐败与暴政的驱使下走进了凶险之地。
2、这种体机制既好听又好吃；
3、“屁屁屁”，对于大贪官来说，他既不具刘邦的开国之材，也不具项羽豪壮山河，大贪官的情人是最了解他的人。
益力量之马邦德（师爷)：自诩精英的骑墙派
利益就是他的力量，利益就是他的原始驱动力，他是通天大骗，买国家的官赚自己的钱，但比起黄四郎毫无遮拦的霸占和使用暴力，马邦德简直委婉又善良。是的，他的骗在一定程度上就是为了保护自己和老婆，你可以认为他这是一种可爱的骗。他在黄四郎和张麻子之间周旋，由始至终目的都出奇的单纯——为了钱财，为了保命，他没有黄四郎的实力，也没有麻匪的武力，他有的就是绞尽脑汁行骗，靠骗为生，在一个彻底崩溃的社会中，这是常态。至少，他让自己活得不痛苦，而张麻子的内心却很痛苦。师爷代表着社会精英阶层，或者是自诩为精英的阶层，他们是墙头草，谁强就往谁那里靠，他们不介意别人的唾沫星子，不介意别人看不起，他们 要的就是活着和利益，环境告诉他们站着是赚不到钱的，而他们比穷人更懂得致富之路，因此他们通过依附利益集团跪着赚钱，他们是非常愿意成为利益集团的狗腿帮凶的，他们从头到尾都意识不到自己的悲剧性。但他们是有人性的，他们知道如何把握度，他们知道见好就收，他们贪婪但并不过分贪婪，他们满脑子算盘和生意经。如果说垄断集团做的都是巨额投资的大买卖，那马邦德们就更像是混迹于官尝商场的民营企业家们，更像是山西的煤老板们。谁给他利益，他就听谁的，啥时候让他滚，他就滚。有时候我不知道，一个社会为什么需要这样的精英？
4、“砰”“砰”“砰”“砰”“砰”“砰”，永远是6枪，不管是开头还是最后打黄四郎，永远是6枪，否是在强调6字与4协调?
5、土匪出身的张麻子，用“筒子”能谐音“同志”，某组织的特定称呼。张麻子早年追随蔡锷，手下一干人都是革命党的同志，后来时运不济，没饭吃做了匪，同志变成“筒子”了，由革命转向弄钱花了。这就是革命的意义和革命的成果？因而极具反讽意义。
6、驾驶列车的是贪官代表马邦德一伙，还带着号令一致的长枪队（城管？）
7、列车上的旗帜是十八颗星，里外各9颗相连，注意，中心围成一个圈的是9颗星，9颗星围成圈是政治局九常委独特体制；
8、注意，打断的是马--列之间的疆绳，没有旧的机制綑缚才能真正的奔驰，切断栓在人民头脑中的那根马列的精神缰索很重要；
９、“斧头”，“腐”（斧）败将是斩断最终马列机轨翻车的最终源“头”。
10、在今天这个“和谐社会”喊得震天响而实际上最不和谐、充满压迫和不公的社会，人们的怒火无处宣泄，任何与刀棍枪弹有关的词语都令人联想翩翩，被附上一种正义的色彩。杨佳单刀赴衙门，玉娇只身斩淫官，早已成为人们竞相传诵的英雄故事。“让子弹飞”的影片问世可谓天意，“让子弹飞一会儿”似乎对于目前的政局不太明朗，于是，“让子弹飞一会儿”拿掉成了“让子弹飞”。“《让子弹飞》（一会儿）”——后面三个字在片头出现后被抹去了，可谓一语双关：即暗喻反抗者的子弹已经飞出去，一会儿就会击中目标；又嘲讽当局居然不知道他的子弹——这部电影公演的子弹已经飞出去了，等广电总局反应过来后，已经晚了。
